Sa mission est définie en référence au statut de l'Enseignement Catholique adopté par les évêques de France en 1992 et dont le préambule précise : "l'école catholique est une structure civile avec des buts, des méthodes, des caractéristiques semblables à n'importe quelle institution scolaire ... elle se présente aussi comme une communauté voulue par des chrétiens ayant pour base un projet éducatif enraciné par le Christ et son Évangile".

Saint-Jean et La Croix est ouvert à tous ceux qui, chrétiens ou non, en acceptent le projet, tout en se voulant attentif à ce que chacun a d'unique. Rassemblés par le projet éducatif, jeunes et adultes constituent une communauté : l'éducation y est l'oeuvre de tous et vise dans leur globalité les différentes dimensions de la personne humaine. Cette démarche parce qu'elle est voulue par des chrétiens est délibérément mise en oeuvre à travers trois éléments indissociables et obligatoires : un climat évangélique de liberté et de charité ; une proposition à tous de la foi en Jésus-Christ, chacun restant libre de son adhésion personnelle ; l'acceptation d'un questionnement sur le sens des savoirs, en référence à l'Évangile. Ces trois outils traduisent le souci propre à l'Église d'enseigner en éduquant, d'éduquer en ouvrant la dimension spirituelle de l'être humain et de dire le nom de Dieu. L'acceptation du présent projet est nécessaire pour toute personne demandant à faire partie de l'établissement.

L'établissement est une école maternelle et primaire, un collège et un lycée avec section post-baccalauréat. Toutes ses classes sont sous contrat d'association avec l'État : l'établissement respecte les horaires, les programmes et les objectifs généraux de l'Éducation Nationale. Il prépare les élèves à répondre aux exigences des examens.

Il est attaché à la qualité du travail scolaire, au sens de l'effort et à la rigueur de l'instruction comme moyens de réussite et conditions d'accès à la culture.
Sa pédagogie vise aussi à préparer l'avenir en mettant le plus possible l'élève en situation d'être acteur de son propre développement. L'exercice de l'esprit critique le rendra progressivement autonome.

L'autonomie n'est pas l'isolement ou l'égoïsme. Nous voulons proposer à chacun la possibilité d'offrir ce qu'il a de meilleur, de profiter de l'apport de tous en développant le travail d'équipe, des relations de confiance, la créativité personnelle et collective.

Elle se réfère aux valeurs de l'humanisme chrétien. L'établissement est un lieu d'apprentissage de la vie sociale où s'exercent la liberté et la responsabilité individuelle. Il a ses contraintes propres ordonnées à l'efficacité scolaire et au respect mutuel dont chacun a besoin pour être reconnu et trouver les repères indispensables à son épanouissement.

L'apprentissage de la liberté et de la responsabilité passe aussi par l'expérience du choix. Les enseignants et les éducateurs, avec la coopération des parents, se situent pour cela en accompagnateurs du développement de la personne.

Visant l'éducation de la personne, la communauté évolue pour être un lieu d'écoute, de convivialité, de  partage. L'établissement encourage les moments privilégiés de relations humaines : sorties éducatives, activités sportives, théâtre, catéchèse...

La communauté ne peut être éducative si elle reste fermée sur elle-même, sans relation constante avec l'environnement social économique et culturel : elle veut privilégier l'ouverture à l'universel par la connaissance et l'échange avec d'autres cultures, la citoyenneté européenne, la découverte du monde professionnel, la protection de l'environnement, l'accès aux nouvelles techniques de communication.

L'établissement catholique, Saint-Jean et La Croix est une communauté voulue par des chrétiens soucieux d'annoncer Jésus-Christ et de vivre la foi qui rassemble, en dialogue avec ceux qui partagent d'autres formes de foi. En s'inspirant de l'esprit des fondateurs de l'école, il met en œuvre les orientations pastorales du diocèse.

L'animation est assurée par une équipe interne (éducateurs, professeurs, personnels, parents et jeunes) en lien avec les prêtres du secteur paroissial.

Elle organise pour chaque cycle et chaque niveau les activités obligatoires de catéchèse et (ou) du culture religieuse. Elle propose également à ceux qui le souhaitent, en groupe de caté ou d’aumônerie, les moyens de découvrir, faire grandir et célébrer cette foi. Elle aide aussi à  la préparation des sacrements ainsi que différentes formes d’engagement.

 « La promotion de la personne humaine est le but de l’école catholique » Jean Paul II

 « Eduquer, c’est prendre en compte la réalité de l’enfant tel qu’il est aujourd’hui, tout en étant attentif à toutes les potentialités qu’il pourra mettre en œuvre demain » Jean Marie PETITCLERC